Отпадните комунални води се одведуваат преку системите за одведување на отпадни води кои се со вкупна должина од 250 km. Колекторската и градска мрежа претежно е лоцирана во урбаните центри на општините. Во однос на покриеноста на населението со канализационата мрежа во урбаните средини таа се движи од 80% до 100%, додека во руралните средини се движи до 80%.
Покриеноста на населението со станици за пречистување на отпадните води во Источниот регион изнесува 7,7% ( 12,7 % на ниво на Република Македонија). Во регионот постои една пречистителна станица за отпадни води која е лоцирана во Берово и е со капацитет од 14.000 е.ж. Согласно студијата за подобрување на животната средина во Брегалничкиот слив, планирана е изградба на пречистителни станици за Штип, Кочани и Оризари, Виница, Македонска Каменица, Пехчево, Делчево, Зрновци, Карбинци, Лозово и Чешиново.