Во Источниот плански регион е лоциран дел од железничката линија Велес – Кочани. Вкупната должина на оваа железничка линија која е лоцирана во регионот изнесува 70 km.
Основниот проблем за ефикасен железнички транспорт е недооформената железничка мрежа во Источниот плански регион која завршува со слеп колосек. Неопходно е итно реконструирање и надоградба на целата железничка инфраструктура во регионот за да се обезбеди брз и сигурен транспорт на стоки и патници. Како една од можностите за унапредување на овој вид на транспорт е идентификуван развојот на комбинираниот мултимодален транспорт кој може да обезбеди порентабилен транспорт и да поттикне инвестиции во регионот.